Curso de Posgrado de Introducción a la Metagenómica y al tratamiento de datos Bioinformáticos - UNC - Universidad Nacional de Córdoba

Descripción

La Metagenómica es uno de los campos de más rápido avance en las ciencias actuales. Debido a que permite el acceso a los genomas de comunidades enteras de bacterias, virus y hongos, de otra manera inaccesibles.

Esta nueva disciplina extiende nuestra comprensión de la diversidad, ecología, evolución y funcionamiento de los microorganismos, al mismo tiempo que contribuye a la aparición y desarrollo de nuevas aplicaciones en diversas áreas, incluyendo a las ciencias agronómicas, ecológicas y ambientales.

Este curso se propone introducir el concepto de Metagenómica, sus métodos y el tratamiento de datos bioinformáticos obtenidos en estudios metagenómicos. Explorar las posibles aplicaciones de la Metagenómica en la agricultura, ecología y disciplinas afines.

Destinado a profesionales, egresados y estudiantes de posgrado de carreras relacionadas con la producción agrícola, biología y ciencias ambientales. Maestrandos y Doctorandos.

Plan de Estudios

• Breve introducción de conceptos relacionados (genética microbiológica, genomas de bacterias, virus y hongos, plásmidos, secuenciación, etc.). Conceptos ecológicos básicos de poblaciones, comunidades microbianas, diversidad y evolución.

• Concepto de Metagenómica y su desarrollo, relaciones, ventajas y desventajas  con respecto a otros enfoques tradicionales. Concepto de Unidad Taxonómica Operativa (UTO). Relaciones con otros enfoques complementarios (ómicas) e integradores (biología de sistemas).

• Aplicaciones actuales y potenciales de la Metagenómica en estudios agrícolas, ecológicos  y ambientales.

• Métodos y técnicas empleados en estudios metagenómicos agrícolas y ambientales:

*Diseño de experimentos (a campo y de laboratorio) para estudios metagenómicos. Consideraciones estadísticas básicas.

*Extracción y purificación de ADN/ARN de muestras. Posibles problemas a encontrar y soluciones.

*Enfoques cerrado y abierto de estudio de comunidades metagenómicas.

*Métodos de construcción de librerías genéticas (PCR, clonación, etc.).

*Métodos de secuenciación: “shot-gun sequencing”, “next generation”, pirosecuenciación, etc.

*Métodos relacionados y complementarios: marcación isotópica, -ómicas: transcriptómica, proteómica, metabolómica, etc.

*Métodos de cribado, organización, almacenamiento,  y análisis de datos metagenómicos (BLAST) y de secuencias cortas (CAMERA y otras). Análisis de datos de secuenciación (MEGAN y otras).

*Métodos de análisis estadístico de datos metagenómicos: herramientas estadísticas tradicionales , softwares generales y específicos (FANTOM y otros). Softwares para análisis de abundancia y diversidad (Mothur y otros).